Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (MIPA) Universitas Pattimura (UNPATTI) secara resmi berdiri pada tahun 1998 (26 Februari 1998) dengan dikeluarkannya Surat Keputusan Menteri Pendidikan Nasional No: 045/C/1998, dengan salah satu tugas adalah menyelenggarakan layanan kuliah dasar MIPA (Matematika, Biologi, Kimia dan Fisika) dalam lingkungan UNPATTI. Pada tanggal 26 September 2001 dengan dikeluarkannya ijin menyelenggarakan Program Studi Matematika, Biologi, Kimia dan Fisika melalui SK Dirjen Dikti Nomor: 3115/D/T/2001, maka Fakultas MIPA secara resmi menyelenggarakan program Pendidikan Sarjana untuk empat program studi.
Fakultas MIPA UNPATTI embrionya dirintis melalui Kerjasama UNPATTI dengan Canadian International Development Agency (CIDA) melalui proyek Eastern Indonesian University Development Project (EIUDP) yang dimulai sejak tahun 1988, dengan membentuk Unit Pelayanan Ilmu-Ilmu Dasar (Basic Science Unit) untuk Matematika, Biologi, Fisika, Statistika dan Kimia yang mendapat support dari Universitas Simon Fraser di Kanada dan beberapa universitas dalam negeri seperti ITB, UGM, IPB dan UNHAS dalam bentuk Short Course dan studi lanjut di dalam dan luar negeri.